L'histoire débute avec l'arrivée de deux personnages, Takashi et Machiko, dans un bar étrange. Ils ne se souviennent même pas comment y être arrivés, et le maître des lieux, Decim, ne répond quasiment pas à leurs questions, leur imposant de jouer à un jeu. N'ayant pas d'autre choix, les voici entraînés dans une suite d'événements inattendus.

Nous sommes dans un futur proche. Après avoir raté ses examens, Tsukasa Mizugaki, 18 ans, trouve un poste dans la prestigieuse SAI Corporation, grâce aux relations de son père. Cette société est spécialisée dans la production de Giftia, des androïdes très perfectionnés ayant des réactions proches des émotions humaines. Le travail de Tsukasa n'est cependant pas très gratifiant, puisqu'il consiste à récupérer les modèles arrivant en fin de vie.

Macross Delta se déroule lors de l'année 2067, 8 ans après les événements de la dernière série TV Macross, Macross Frontier. L'histoire se concentre sur Walküre, une équipe d'idoles talentueuses et pilotes de Valkyrie, ainsi que sur l'escadron Delta, un groupe de pilotes de Valkyrie expérimentés dans leur combat contre le syndrome Var, une entité mystérieuse qui consume la galaxie. Ils devront aussi affronter les mystérieux Chevaliers Aériens, un groupe de pilotes de Valkyrie du Royaume du Vent.

C'est la deuxième partie de la série de six films. L'épisode commence là où l' épisode un s'est arrêté, l' équipe BC marchant en formation sur le champ de bataille. Le commandant Marie discute de stratégie avec ses deux vice-commandants Andou de la faction Examen et Oshida de la faction Escalator. Ces deux derniers échangent des compliments et s'excusent pour les insultes qu'ils se sont faites par le passé. La conversation prend fin lorsque des chars Ooarai cachés dans la forêt ouvrent le feu sur eux. BC Freedom soupçonne Ooarai d'essayer de les provoquer et de les attirer dans un piège, alors ils se désengagent et se retirent dans un bocage, une zone de bois et de pâturages mixtes.